医療費控除で確定申告が必要？ふるさと納税・ワンストップ特例申請の扱いとやり方

医療費控除とふるさと納税を同じ年に利用した場合、「確定申告は必要なのか」「ワンストップ特例申請はどうなるのか」と迷う方は多いのではないでしょうか。

結論からいうと、医療費控除を受けるには確定申告が必要ですが、確定申告を行うと提出済みのワンストップ特例申請は自動的に取り消されます。

ただし、正しい手順で確定申告を行えば、医療費控除とふるさと納税の両方を問題なく適用することができます。

この記事では、
・ワンストップ特例制度との関係
・確定申告に必要な書類
・e-Taxでの具体的な手順

を、初めての方でも迷わず進められるように整理しています。

「何をすればいいかだけ知りたい」という方でも、このページを上から順に見ていけばそのまま申告まで進められる構成になっています。

医療費控除とふるさと納税は確定申告が必要？

医療費控除とふるさと納税は、同じ年にあわせて利用できます。ただし、医療費控除を受ける場合は確定申告が必要になるため、ふるさと納税の手続きにも影響があります。

ふるさと納税には「ワンストップ特例制度」という、確定申告をせずに控除を受けられる仕組みがありますが、医療費控除を利用する場合はこの制度を使うことができません。

そのため、医療費控除を申請する年は、ふるさと納税についても確定申告の中でまとめて手続きを行う必要があります。

ここで押さえておきたいポイントは、次の3つです。

なお、すでにワンストップ特例申請を提出している場合でも、確定申告で寄付金控除を入力すれば適用されます。手続きの流れは、次の見出しで解説します。

控除上限額の考え方や医療費控除による影響について詳しく知りたい方は、以下の記事で解説しています。
▶ [ふるさと納税と医療費控除は併用できる？影響・計算方法・シミュレーションまで完全解説]

ワンストップ特例制度は使えない？確定申告との関係

医療費控除を利用する場合、ふるさと納税で提出したワンストップ特例申請の内容は自動的に取り消されます。

ワンストップ特例制度は、確定申告を行わない給与所得者を対象とした仕組みです。そのため、医療費控除のように確定申告が必要な手続きを行う場合は、制度の対象外となります。

つまり、医療費控除を申請する時点で、ふるさと納税の手続きも確定申告に一本化されると考えておきましょう。

すでにワンストップ特例申請をしている場合はどうなる？

すでにワンストップ特例申請を提出している場合でも、特別な取り消し手続きは必要ありません。

確定申告を行うとワンストップ特例申請は自動的に取り消され、確定申告書の内容がすべてにおいて優先されます。そのため、ワンストップ特例を申請済みであっても「自治体への取り消し連絡や、書類の提出し直し」といった手続きを別途行う必要はありません。

ただし、確定申告をする際は、寄付金控除の入力を忘れないよう十分に注意しましょう。入力し忘れると、ふるさと納税の控除が一切受けられなくなります。

どう対応すればいい？

対応はシンプルです。以下の2点を行えば問題ありません。

これにより、医療費控除とふるさと納税の両方が正しく反映されます。

よくある勘違い

ワンストップ特例申請をしていると、「確定申告をすると損になるのでは」と感じる方もいますが、一般的にそのようなことはありません。

確定申告で寄付金控除を正しく入力すれば、ワンストップ特例制度を利用した場合と同様の控除を受けられることがほとんどです。ただし、入力が漏れている場合は控除が適用されないため、寄付内容は必ずすべて申告する必要があります。

むしろ、医療費控除を利用する場合は確定申告が前提となるため、ワンストップ特例申請の有無にかかわらず、確定申告でまとめて手続きを行うのが基本となります。

確定申告に必要な書類一覧

医療費控除とふるさと納税を確定申告する際は、あらかじめ必要な書類をそろえておくことで、手続きをスムーズに進めることができます。

申告の途中で書類が不足すると入力が止まるため、事前に一式を確認しておきましょう。

必要書類チェックリスト

以下の書類を準備しておけば、確定申告に必要な情報は一通りそろいます。

所得に関する書類

医療費控除に関する書類

ふるさと納税（寄付金控除）に関する書類

本人確認・その他

書類準備のポイント

医療費控除では、「実際に自己負担した金額」をもとに計算するため、保険金などで補填された金額も正確に把握しておく必要があります。

また、ふるさと納税については、寄付先ごとに受領証明書が発行されるため、すべての寄付分がそろっているか事前に確認しておきましょう。

書類が一通りそろったら、次は実際の入力作業に進みます。確定申告はe-Taxを利用すれば、画面の案内に沿って進めるだけで手続きが可能です。

医療費控除とふるさと納税の確定申告のやり方（e-Tax）

医療費控除とふるさと納税は、e-Taxを利用すれば画面の案内に沿って入力するだけで申告できます。ここでは、初めての方でも迷わないように、実際の流れをステップごとに整理します。

STEP1：申告書の作成を開始する

国税庁の確定申告書作成コーナーにアクセスし、申告書の作成を開始します。

画面の案内に従って、以下の情報を入力します。

ここで「医療費控除」と「寄付金控除」の両方にチェックを入れておくと、その後の入力がスムーズです。

STEP2：医療費控除を入力する

次に、医療費控除の内容を入力します。

主な入力項目は以下の通りです。

医療費通知を利用する場合は、記載されている金額をそのまま入力します。医療費の明細書を使う場合は、事前に合計額を計算しておくとスムーズです。

なお、高額療養費や生命保険の給付金などは「補填された金額」として差し引く必要があるため、忘れずに入力しましょう。

STEP3：ふるさと納税（寄付金控除）を入力する

続いて、ふるさと納税の寄付金控除を入力します。入力する内容はシンプルです。

寄付金受領証明書を手元に用意し、寄付ごとに正確に入力していきます。

なお、マイナポータル連携やふるさと納税のポータルサイトでダウンロードできるxmlファイルを読み込ませることによって、自動入力にする事もできます。

ワンストップ特例申請をしている場合でも、この画面で改めて寄付金控除を入力する必要があります。入力しない場合は控除が適用されないため、寄付分はすべて忘れずに入力しましょう。

STEP4：内容を確認して提出する

すべての入力が完了したら、内容を確認して申告データを送信します。

送信後は、以下の点を確認しておきましょう。

申告が正しく完了すれば、医療費控除による還付や、ふるさと納税による住民税の控除が適用されます。

よくあるミスと注意点

医療費控除とふるさと納税の確定申告では、入力ミスや認識違いによって、本来受けられる控除が反映されないケースがあります。

ここでは、特に多いミスを事前に確認しておきましょう。

ワンストップ特例申請をしたまま確定申告していない

医療費控除を利用する場合は確定申告が必要ですが、ワンストップ特例申請をしたことで手続きが完了したと勘違いし、そのまま確定申告を行わないケースがあります。

この場合、医療費控除もふるさと納税の控除も適用されません。特に、確定申告で寄付金控除を入力しないと、ふるさと納税の控除は反映されないため注意が必要です。

医療費の補填金を差し引いていない

医療費控除は「実際に自己負担した金額」が対象です。

高額療養費や生命保険の給付金など、補填された金額を差し引かずに申告すると、控除額が過大となり、後から修正が必要になる場合があります。

寄付金の入力漏れ

ふるさと納税は、寄付ごとに入力が必要です。

複数の自治体に寄付している場合、一部の寄付金の入力が漏れてしまうと、その分の控除が受けられなくなります。寄付金受領証明書を見ながら、すべての寄付を漏れなく入力しましょう。

控除の入力ミス・重複

医療費控除と寄付金控除は、それぞれ別の項目として入力します。

金額の入力ミスや、同じ内容を重複して入力してしまうと、正しい控除額が反映されない可能性があります。最終確認の画面で、入力内容を必ずチェックしましょう。

ふるさと納税と医療費控除でよくある失敗やその対策については、以下の記事でも詳しく解説しています。
▶ [ふるさと納税と医療費控除で失敗したかも？よくある原因と対策を解説]

確定申告が不要になるケースはある？

医療費控除とふるさと納税は併用できますが、すべてのケースで確定申告が必要になるわけではありません。

条件によっては、確定申告が不要になる場合もあります。

医療費控除を利用しない場合

医療費控除を利用しない場合は、ふるさと納税についてワンストップ特例制度を利用することで、確定申告をせずに控除を受けることができます。

ワンストップ特例制度のみを利用する場合

ふるさと納税の寄付先が5自治体以内で、かつ確定申告を行わない給与所得者であれば、ワンストップ特例制度を利用することで手続きが完結します。

ただし、医療費控除や他の控除を利用するために確定申告を行う場合は、ワンストップ特例制度は利用できなくなるため注意が必要です。

まとめ

医療費控除とふるさと納税は同時に利用できますが、医療費控除を申請する場合は確定申告が必要となり、ワンストップ特例制度は利用できません。

そのため、医療費控除とふるさと納税の両方を利用する場合は、確定申告でまとめて手続きを行うのが基本となります。

申告の際は、以下の流れを押さえておきましょう。

正しい手順で確定申告を行い、医療費控除と寄付金控除の両方を入力すれば、それぞれの控除は適用されます。いずれかの入力が漏れている場合は控除が反映されないため、内容を確認しながら進めることが大切です。

手続き自体は難しくないため、必要な情報をそろえて順番に進めましょう。